本片紧接上一部动画电影延续了《真人快打传奇：蝎子的复仇》的故事，围绕雷电大人和邵康（Shao Kahn）争夺地球展开。上一场比赛结束后，绍康决定向地球宣战，并在入侵地球的时候带上了自己的部下玲子、金太郎、杰德和吉塔娜等人。蝎子在解决个人问题之后，退居二线，这次由刘康挑起大梁，解决邪恶反派独一者（the One Being）。英雄们受到了绍康的攻击，为了增加地球一方的胜算，雷电大人主动舍弃自己的神性，以普通战士身份参加决斗。这迫使好人们前往外部世界保护地球，蝎子则前往寻找能够呼唤神秘存在的上古神物，如果失败神秘存在将会毁灭宇宙。
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